Huehuetenango es también el Departamento con mayor Diversidad Biológica de toda Guatemala: Con altitudes entre los 500 y los 3,900 msnm, 14 Zonas de Vida y una topografía verdaderamente dramática, el Departamento aún posee una gran diversidad de ecosistemas remanentes, incluyendo humedales riparios, bosques secos, bosques tropicales muy húmedos, cenotes kársticos, bosques montanos y páramos sub-alpinos. En el Departamento de Huehuetenango se presentan especies, ensambles y procesos ecológicos únicos para Guatemala y el Mundo.